À neuf ans, il commence la musique et se met rapidement à composer. Il se forme auprès de Gérard Condé, qui lui fait découvrir les grandes partitions classiques et romantiques et l'École de Vienne, puis à l'École normale de musique de Paris où Max Deutsch, élève d'Arnold Schönberg, dispense son enseignement. Les œuvres de Karlheinz Stockhausen, de Pierre Boulez et de Iannis Xenakis deviendront ses références principales. Il entre ensuite au Conservatoire national supérieur de musique de Paris, où enseignent le compositeur croate Ivo Malec et Michel Philippot. Il suit également la classe d’analyse de Claude Ballif. Manoury prend ensuite des cours de composition assistée par ordinateur avec Pierre Barbaud à partir de 1975 et, en 1980, il rejoint l'IRCAM. L'informatique musicale devient un outil fondamental dans son travail de composition.

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